S obzirom po zatvorenost odnosno ujezerenost Puntarske drage, ona je ekološki izrazito osjetljivo područje. Ekološku stabilnost uvale narušava već samo postojanje naselja na njezinoj obali, a koje ljeti naraste i do blizu 10 000 ljudi. Prirodna ravnoteža u dragi dodatno je opterećena velikim brojem brodica lokalnih mještana te naročito postojanje marine s 1300 vezova (800 u moru i oko 500 tzv. suhih vezova) i brodogradilišta. Stariji mještani pamte da je more u dragi nekada bilo posve čisto i bistro te bogato ribom. Danas je more, zbog spomenutih razloga, zamućeno i s vrlo malo ribljeg fonda.
Zamućenosti mora doprinosi i muljevito dno koje se pod utjecajem propela brodica podiže te dovodi do prozirnosti mora mjestimice manje od metra. Ribolov u dragi je zabranjen.Pročiščivać otpadnih voda u Puntu izgrađen je 2002. godine. Njime je bitno poboljšana čistoća i kvaliteta mora. Ipak, more nije znatnije zagađeno. Marina Punat ulaže znatne napore na izgradnji infrastrukture kako bi se onečišćavanje mora bilo što manje. Dokaz tome je i da je marina u Puntu prva u Hrvatskoj koja je dobila plavu zastavu. Plavu zastavu ima i najpoznatija mjesna plaža "Punta De Bilj".

Punat je i jedno od rijetkih mjesta na otoku Krku koje ima razgranatu kanalizacijsku mrežu s čijom se izgradnjom započelo 1988. godine, te se i dalje nadograđuje i širi.Naročito je značajna bila izgradnja modernog pročišćivaća otpadnih voda u blizini lokaliteta Kandija južno od Punta 2002. godine. Sve oborinske i otpadne vode iz kanalizacijske mreže izvode se izvan Puntarske drage čime se ona oslobađa od istih. Lokalna Turistička zajednica svake godine organizira ekološko-edukativnu akciju "Puntarska draga, svima nama draga" tijekom koje se čiste more, dno i obala drage.